При простом копировании, копируется все, кроме boot-сектора.
Nick2 верно говорит, сделай образ с диска и запиши на диск, лучше на маленькой скорости.
Если уже оригинального диска под рукой нет, то ищи свой выход
здесь. Почитай внимательней, там эта тема обсуждалась.
P.S. у самого такая прабла была, когда купил пиратку